Die Wassertiefe könnte man natürlich auch angeben, aber sie würde nur für den jeweiligen Messpunkt gelten. Will man den Wasserstand wissen, der ja für den gesamten See gilt, dann hilft nur die Absoluthöhe in m ü. A. oder irgend ein anderes allgemein gültiges Bezugsniveau.
Das stammt aus der Habsburgerzeit und blieb - glaube ich - aus Tradition. Damals diente der Pegel am Hafen von Triest als Basis. Triest gehörte zur Monarchie und war eine wichtige Hafenstadt, weshalb dieser Punkt an der Adria als Nullniveau für die Höhenmessungen in Mitteleuropa verwendet wurde.
Bei stehenden Gewässern wird der Wasserstand immer in der Regel über den Meeresspiegel gemessen, bei Fließgewässer über der Gewässersohle. Da stehende Gewässer sehr tief sein können und an jedem Messort die Tiefe anders ist, macht es bei stehenden Gewässern keinen Sinn, von der Sohle aus zu messen.
Zum Neusiedler See: Ich habe mir einmal von der Surfschule erfahren, dass man an dem See keinen gescheiten Pegelnullpunkt festlegen kann, da er so seicht ist. Ob das wirklich so stimmt, kann ich nicht sagen. 🤷
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https://de.m.wikipedia.org/wiki/Wasserstand