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Calling all bioRxiv affiliates - bat signal is up as we have a big backlog. If you have time to screen some papers, we'd be eternally grateful! 🙏

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Weekly recap in #bioinformatics: T2T assembly, DNA language models for variant effect analysis, ortholog inference at scale, a foundation model of transcription across cell types, engineering PAM recognition, & a few great reviews... doi.org/10.59350/1r4...

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Benchmarking the impact of reference genome selection on taxonomic profiling accuracy doi.org/10.1101/2025... 🧬🖥️🧪 github.com/JaspervB-tud...

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Les personnes les moins familiarisées avec les concepts derrière les systèmes d’IA considèrent souvent cette technologie comme « magique »… et fascinante.

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Je partage ici le message d'un collègue argentin a qui je demandais des news. Glaçant 😱! La Méthode Milei (bel euphémisme gerbant) démantèle éducation&recherche, cible les savoirs qui comme aux US, gênent politiquement: climat&écologie, justice env. Le fascisme s'installe. Sommes-ns a l'abri en 🇪🇺?

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If for you also, Onagre were monsters imagined by Pierre Bordage, you have to read my edito and the paper from Barloy-Hubler et al on #invasive #plants from this family 🧬🖥️ 🧪 @genomics.peercommunityin.org @peercommunityin.bsky.social doi.org/10.24072/pci...

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"Développer son esprit critique face au monde de la désinformation" 👉 Retrouvez le replay de la première conférence donnée à la Sorbonne par le sociologue Gérald Bronner : www.youtube.com/watch?v=kjy0... @lettres-sorbonne.bsky.social

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Lancement du programme interntaional sur le genre par l'Université Mohamed V, l'AUF et l'Ambassade de France au Maroc en présence de la PDG de l'IRD @ird-fr.bsky.social

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Roche's SBX sequencing by expansion - preprint out! www.biorxiv.org/content/10.1...

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📣 RDV pour notre prochain #IRDTchat 👉 2️⃣0️⃣2️⃣5️⃣, année internationale de la préservation des glaciers Avec Adina Racoviteanu, chercheuse #IRD, et Rubèn Barrantes, professeur à la Universidad Yachay Tech, en Equateur. ⏰ Mercredi 26/02, à 17h00 🔴 En direct : www.linkedin.com/events/72997... #IYGP2025

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gcSV: a unified framework for comprehensive structural variant detection www.biorxiv.org/content/10....

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You want to see where are the archeological remnants for Date Palm in Minor Asia ? DateBack is for you! Some different #bioinformatics @murielgrosb.bsky.social @ird-fr.bsky.social @ifb-elixir-fr.bsky.social #aDNA #archeological 🧪 🧬🖥️ www.biorxiv.org/content/10.1...

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Do researchers working on animal genomics ever read plant papers? I am still quite amazed to see how plant research is largely ignored. They know plants have DNA, right?

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It's been a while because I've felt distracted lately with...gestures at everything but, I've gone and updated TE Hub @tehub.bsky.social with new tools, databases and TE lineages tehub.org #TEsky

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Pour le moment, le point qui continue à m'inquièter le plus sur la situation aux États-Unis, c'est l'accès des équipes DOGE de Musk aux données sensibles de plusieurs agences fédérales, parce qu'il n'y a pas de retour en arrière possible

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Varigraph: an accurate and widely applicable pangenome graph-based variant genotyper for diploid and polyploid genomes https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.02.17.638628v1

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Visualisation of pangenome variants in polyploids with the Varigraph tool: hhttps://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.02.17.638628v1

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A great opportunity in a nice place 👇

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🚨📢 We are hiring a postdoc position at URGI in bioinformatics genomics. All details are available here urgi.versailles.inrae.fr/About-us/New...

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📢 RDV lundi pour le prochain séminaire scientifique "CoSavez-vous?" de l'IRD 🎨🌱 Quelles approches art-science pour la biodiversité? 📆 24/02/2025 de 10h à 11h30 🔴 En ligne, ouvert à toutes et tous : ird-fr.zoom.us/s/8140535078... ℹ️ www.ird.fr/seminaires-s... @ieesparis.bsky.social

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🔬 Besoin de rendre vos données scientifiques plus accessibles ? Découvrez cet outil génial qui convertit les échelles complexes en comparaisons compréhensibles et parfois très drôles. Perfect pour la #SciComm, il transforme les chiffres vagues en analogies du quotidien. 🔗 theklem.github.io

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Bioinformatics != AI. I told a conference organizer that I do not consider myself an expert in AI, and she was surprised.

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I’m super happy to have a great part of my PhD work (under the wonderful supervision of C. Libourel @pierremarcdelaux.bsky.social & @maximebonhomme.bsky.social) now out in @naturegenet.bsky.social ! Here’s a little thread (1/18) www.nature.com/articles/s41...

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Vous souhaitez vous initier aux bonnes pratiques pour la reproductibilité de vos analyses ? 💡 Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’un jour à Jouy-en-Josas (4 avril). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html

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📢 Appel à candidatures Jeunes équipes associées à l’IRD ( #JEAI ) 🤝🔬 Ces dispositifs #IRD de #recherche sont des outils majeurs pour soutenir la structuration des activités en collaboration avec les chercheurs des pays partenaires. ⏳ candidatures jusqu'au 21/03/2025 ▶️ www.ird.fr/dispositifs-...

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At the intersection of data science and governance studies is a dynamic field that leverages data science techniques to inform and enhance governance practices." doi.org/10.4337/9781...

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Archive Request xkcd.com/3052

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#IAconnect 🦾🧠 | Présentation publique "IA Montpellier Méditerranée" : Fournir un environnement sécurisé propice à la création d' #IA souveraines respectueuses des libertés individuelles, répondant aux préoccupations de la population et respectant des normes éthiques rigoureuses

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#IRDEmploi | 📣 Le concours chercheuses et chercheurs IRD 2025 est ouvert ! Cette année, l'IRD propose : 🔴 18 postes de directeurs de recherche 🔴 25 postes de chargés de recherche 🗓️ Candidatures ouvertes jusqu'au 11/03 👉 +d'infos : www.ird.fr/concours-che... #EnsemblePourDesSolutionsDurables

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With @katiejenike.bsky.social and a bunch more of our fellow k-mer enthusiasts, we put together a manuscript on k-mers in biodiversity genomics. A guide if you will, that covers k-mers from basics to some really funky stuff... genome.cshlp.org/content/35/2...

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For those working with Hi-C data and the Arima workflow, we have rewritten the Arima tools using htslib to speed up the process. Any feedback is welcome: github.com/Genoscope-LB...

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Comparative population pangenomes reveal unexpected complexity and fitness effects of structural variants https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.02.11.637762v1 🧬🖥️🧪 https://github.com/harvardinformatics/scrub-jay-genomics

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Me explaining academic publishing to non-academic friends and family. For some reason, they always assumed the journals paid me 😂 #academia #phd #AcademicSky #PhDchat

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📣 Le numéro 5️⃣ de la newsletter #IRDenBref est disponible ! 🟣 En écho au 11 février, journée #FemmesEnScience, focus sur la thématique "Questions de genre" ! Ce sujet est au cœur des engagements prioritaires #IRD ! ▶️ r.communication.ird.fr/mk/mr/sh/1t6... 🔔 N'oubliez pas de vous abonner !

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🚨BEWARE OF SCAMS🚨 The RECOMB 2025 team will NEVER: ❌ Ask for sensitive information (passport number, social security number, credit card information..) ❌ Ask for your signature in an email ❌ Request payment in an email If you receive a suspicious email, contact us at [email protected].

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#Communiqué 🗞️ Des scientifiques ont identifié la cause d'une maladie cutanée inquiétante qui a touché plus d’un millier de pêcheurs sénégalais, mettant ainsi en évidence l’augmentation des risques liés aux toxines environnementales. ▶️ www.ird.fr/la-mysterieu... 🤝 @cnrs.fr @ifremer.bsky.social #IRD

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📣 IA : Sorbonne Université rejoint l'alliance inédite de Mistral AI et EdTech France avec 10 autres universités françaises à l'occasion du #SommetActionIA ! 🎓 Objectif : mettre l'IA au service des établissements d'enseignement supérieur et de recherche ! #HelloESR

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Script of Scripts (SoS) is a computational environment for the development and execution of scripts in multiple languages for daily computational research. vatlab.github.io/sos-docs/

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🚨Urgent: 12-month Postdoc in Paris-Saclay on the INCREASE project! 🫘 Dissecting genetic mechanisms of environmental adaptation in common bean Project: [https://www.pulsesincrease.eu/] 📄 Click on Job for description [https://moulon.inrae.fr/] Please share! #Postdoc #JobOpening #INCREASEProject

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Il y a plus de 150 ans, Charles #Darwin révolutionnait l’histoire de la vie avec sa célèbre théorie de l’évolution. Mais au fait, qu’est-ce que cette théorie nous raconte ? Faisons le point sur les contresens et raccourcis les plus courants ! 👉 www.mnhn.fr/fr/5-idees-r... #DarwinDay

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🐍 How can Python help us analyse biological data? Online course: Introduction to Python for Biology 🔗 https://www.transmittingscience.com/courses/statistics-and-bioinformatics/introduction-to-python-for-biology/

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Two Types of Bioinformaticians—Which One Are You? 🧵 1/ In bioinformatics, there are two main types of researchers: 🔹 Those who work with massive datasets (e.g., 1,000+ samples) 🔹 Those who dive deep into well-designed experiments

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#ActuScience 🤖 Au lendemain du #AIActionSummit, des experts appellent à mettre l’IA au service du développement plutôt que d'intérêts privés. 📝 Cette tribune #IRD aborde les enjeux de l'IA face aux grands défis sociétaux : lemag.ird.fr/fr/du-develo... #ODD #IA

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